应用于FPGA加速器的PME算法异构计算方法及装置

本发明公开了一种应用于FPGA加速器的PME算法异构计算方法及装置，涉及分子动力学模拟技术领域，解决了现有技术中在使用HBM作为存储器导致的在PME计算过程中数据存取延时长，以及多维FFT计算过程中转置和卷积单独处理导致的存储资源占用多、计算时间长的问题，该方法包括：利用B样条插值将电荷插值至快速傅里叶变换网格，得到静电势能矩阵和系数矩阵；对静电势能矩阵和系数矩阵进行计算，得到静电力矩阵；对静电力矩阵进行B样条插值，得到各个原子的受力情况分析结果；实现了将PME算法卸载到FPGA中，以此提升PME算法的计算速度。