摘要
本发明公开了一种整合空间多组学数据的肿瘤微环境分析方法,包括以下步骤:S1、使用神经网络模型对质谱流式成像技术获得的图像文件进行细胞分割;S2、对细胞分割数据进行预处理,包括去重、异常值处理、Min‑Max归一化,对数据进行降维、聚类、注释;S3、对IMC注释后数据不同组别间不同细胞类型频率统计检验,Region分析,Patch分析,肿瘤细胞邻域分析;S4、对单细胞转录组数据进行降维、聚类、注释;S5、使用注释后的单细胞数据作为参考集,对空间转录组数据进行解卷积,划分特定细胞类型阳性和阴性区域,查找差异基因。本发明,为深入理解肿瘤组织中的生物学过程提供了有力的工具和框架。
技术关键词
肿瘤微环境
分析方法
单细胞转录组数据
感兴趣
配体分析
Cox比例风险模型
标志物
神经网络模型
频率
聚类
并行计算框架
基因
成像技术
免疫细胞
样本
PCA算法
树突状细胞
异常细胞