一种基于泛基因组图对宏基因组数据进行菌株水平分类的方法

本发明公开了一种基于泛基因组图对宏基因组数据进行菌株水平分类的方法，首先，通过泛基因组图的技术捕获了每个物种的多个菌株的基因组作为参考，而不仅仅是使用每个物种的代表基因组作为参考，菌株多样性的扩展，增强了宏基因组测序读段的比对准确性和在菌株水平上组成的估计；然后，通过在NGS和TGS宏基因组数据与泛基因组图的比对中，分别使用相应的短读长比对工具Giraffe和长读长比对工具GraphAligner，从而可以同时高效处理两种类型的数据；最后，通过对物种水平分类结果进一步基于泛基因组图进行路径丰度优化处理，从而能够实现多物种菌株水平分类。本发明能够解决现有方法由于单一参考基因组的策略，导致菌株水平分类能力受到限制的技术问题。