DNA甲基化位点鉴别模型的构建方法及其应用

本发明公开了一种DNA甲基化位点鉴别模型的构建方法及其应用。旨在通过筛选DNA甲基化位点，构建鉴别模型，开发鉴别肝细胞癌与肝内胆管癌生物标志物。为了获得潜在的DNA甲基化位点，通过比较正常肝脏样本和原发性肝癌(PLC)样本(ICC样本和HCC样本)的甲基化数据来筛选差异甲基化的CpG位点(DMC)，使用随机森林算法选择具有最高基尼值的特定DMC位点。本发明首先建立了基于三个PLC特异性甲基化位点(cg24035245、cg21072795和cg00261162)的模型，其灵敏度和特异性在训练集中分别达到98.8％和94.8％，在验证集中达到97.3％和81％。为了进一步将PLC样本区分为HCC和ICC，再通过三个甲基化位点(cg17769836、cg17591574和cg07823562)建立了另一种模型，HCC和ICC鉴别准确率在训练集中分别达到95.8％和89.8％，在验证集中分别达到96.8％和85.4％。