一种用于辣椒基因分型的SNP标记组合及其应用

本发明提供一种用于辣椒基因分型的SNP分子标记组合，所述SNP分子标记组合包含有30462个SNP分子标记，所述30462个SNP位点的物理位置是基于辣椒“Hot1”基因组序列对比确定的，具体SNP分子标记情况如说明书表1所示。所述SNP标记对应液相探针捕获位点数多、捕获率高，CC群捕获效率在90％以上，非CC群体CA、CF群在79％以上，CP群在51％左右。CP群与测序群体遗传背景差异较大，但其能捕获15k左右的标记，也能完成遗传背景评估，测序深度在7X以上。整体来看，捕获标记数可以完成遗传背景评估。