一种基于物理感知分层图表示的蛋白质结合位点预测方法

一种基于物理感知分层图表示的蛋白质结合位点预测方法，首先，给定一个受体结构，在未知其绑定配体的前提下，提取其三类主要的特征，分别是理化特征、进化特征和几何特征；其次，设计了一种基于Voronoi接触面积的分层图表示算法，该算法通过原子间接触面积迭代识别相邻原子，确保每一层仅考虑原子‑原子接触范围内的相互作用；最后，构建了一个基于Transformer框架的网络模型，其中编码器用于更新每幅图中原子的上下文信息并将其映射至残基级别，解码器用于预测潜在的结合位点。本发明相较于传统的结合位点预测方法，强调原子级的物理相互作用，可以更准确地揭示蛋白质界面的局部相互作用模式。