一种病毒物种鉴定方法、鉴定系统、设备和介质

本发明公开了一种病毒物种鉴定方法、鉴定系统、设备和介质，所述方法包括：获取包括非冗余的病毒种和亚种序列的原始参考数据库；将原始参考数据库中序列打断，并和原始参考数据库进行比对，替换原始参考数据库中比对上超过1处的序列得到第一参考数据库；将二代三代测序的原始下机数据比对到第一参考数据库，基于比对丰度鉴定物种；将原始参考数据库的序列打断，和原始参考数据库进行比对，将比对上的序列替换得到第二参考数据库；将拼接后的基因组数据比对到第二参考数据库，基于位分数鉴定物种。本发明设计直接使用reads数据比对策略，并用于病毒物种鉴定的标准化分析流程，本发明能够鉴定的物种多，可精确到亚种水平，鉴定率高且快速。