摘要
本发明属于动植物育种预测领域,公开了一种基于遗传力模型的快速准确的基因组预测方法,计算标记的次要等位基因频率和连锁不平衡分数;练SNP遗传力模型得到最优SNP遗传力模型;选取最优分层数;获取待预测数据集的所有个体在对应层的基因型数据构成的层基因型数据,基于最优SNP遗传力模型,计算各层SNP的估计遗传力赋值到对应层的对角权重矩阵,计算各层对应的层基因型数据的个体间的亲缘关系矩阵;拟合多随机混合模型,获得待测数据集的所有个体的各个表型的基因组估计育种值。本发明基于线性模型框架,计算复杂度低,且关键步骤可并行化处理,计算速度快;本发明通过构建性状特异的SNP遗传力模型,优化复杂性状遗传结构的模型表征,以此提升预测性能。
技术关键词
次要等位基因
单核苷酸多态性
模型超参数
混合线性模型
矩阵
卡方统计
全基因组关联分析
均值聚类算法
数据
分层
频率
构建训练集
标记
染色体
关系
计算机程序产品
处理器
计算机设备