一种用于多轮次空间转录组成像的探针设计方法及系统

本发明公开了一种用于多轮次空间转录组成像的探针设计方法及系统，涉及生物信息学技术领域，包括：构建检索数据库；从已知RNA序列中遍历获取同一基因所有的isoform的靶向区段并预处理，将所得到的候选探针序列分成两段进行额外的非特异性检测，得到所有isoform的靶向探针序列，再根据检索数据库中所有表达矩阵筛选得到靶向区域探针；通过随机ATCG生成多条随机序列并预处理，据以设计非靶向区域探针；从检索数据库获取单细胞表达矩阵，基于模拟退火算法优化给定基因集在不同成像轮次间的细胞类型层面表达量方差最小，得到基因编码本；该探针设计方法及系统，对于探针整体的捕获效率有一定的提升同时兼容多种编码策略。