摘要
一种基于多尺度等变图神经网络的蛋白质复合物模型界面质量评估方法,首先从无冗余蛋白质相互作用数据库PRISM中筛选出共结晶天然蛋白质复合物结构,使用HDock对接算法生成诱饵结构,然后基于每个复合物诱饵结构提取分子表面相互作用指纹、原子级特征以及残基级特征,获取复合物诱饵结构的图表示,随后通过深度等变图神经网络充分捕捉并融合多尺度信息,最终经过原型对比预测得到界面质量分数。本发明能够准确地进行蛋白质复合物模型界面质量评估,有效解决蛋白质复合物模型界面质量评估精度低、泛化性差的问题。
技术关键词
诱饵结构
相互作用指纹
融合多尺度信息
界面
注意力机制
复合物结构
蛋白质晶体结构
原型
神经网络模型训练
范德华力
三维结构
矩阵
三角形面片
全局平均池化
节点
理化特征
曲率特征
异构