一种基于矩阵分解和异构图推理的lncRNA-疾病关联预测方法

本发明提供了一种基于矩阵分解和异构图推理的lncRNA‑疾病关联预测系统，涉及生物信息、深度学习领域。首先，我们基于已知的lncRNA‑疾病关联矩阵利用高斯核计算出lncRNA和疾病的高斯相互作用轮廓核相似性并且收集lncRNA的表达相似性和疾病的语义相似性数据。然后，通过非线性相似性网络融合策略，将不同计算方法得到的相似性集成到lncRNA和疾病的综合相似性中。然后，我们将一些正则化项和范围约束引入到目标函数中来构建一个约束矩阵分解模型，并且使用交替最小二乘法进行优化，得到更新的lncRNA‑疾病关联矩阵。然后，我们将更新后的lncRNA‑疾病关联矩阵、lncRNA综合相似性矩阵和疾病综合相似性矩阵集成到lncRNA‑疾病异构网络中并定义该网络的邻接矩阵为目标矩阵。最后，基于该网络使用异构图推理算法得到预测评分矩阵。