摘要
本发明涉及分子生物学、核酸检测与生物信息学交叉技术领域,公开了一种同步检测CRISPR脱靶位点与病毒载体整合位点的体内检测方法。本发明提供的一种同步检测CRISPR脱靶位点与病毒载体整合位点的体内检测方法首次将AAV载体自身的反向末端重复序列(ITR)用作标签序列,通过设计通用的PCR扩增引物和引入唯一分子标识符(UMI)技术,同时捕捉和精准识别体内CRISPR编辑过程中的脱靶事件和AAV载体整合事件。本发明提供的一种同步检测CRISPR脱靶位点与病毒载体整合位点的体内检测方法相较现有GUIDE‑seq、DISCOVER‑Seq+、OliTag‑seq、U‑DiTaS等方案,在体内适用性、检测深度、操作经济性和产业化标准化方面均实现了显著突破。
技术关键词
脱靶位点
病毒载体
高通量测序平台
序列比对算法
体内检测系统
测序接头
序列特征
重复序列
长读长测序
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差异表达基因
标记基因
序列比对算法
永生化细胞系
神经纤维瘤病
微生物菌种保藏
慢病毒载体
可持续增殖