一种面向单分子实时测序的基于参考基因组的组装方法

一种面向单分子实时测序的基于参考基因组的组装方法，本发明涉及个体基因组组装领域，具体涉及面向单分子实时测序的基于参考基因组的组装方法。本发明的目的是为了解决单分子实时测序数据高原始错误率，以及传统从头组装计算资源和内存消耗大、难以跨越基因组中重复序列和复杂结构变异区域等问题。过程为：步骤一、基于参考基因组构建哈希索引；采用分阶段的比对策略构建长读序列的比对骨架；将长读序列的比对骨架断点记录为SV信号；步骤二、对SV信号进行聚类；步骤三、构建长读序列重叠图；将重叠图转换为有向字符串图并进行简化；将长读序列比对信息替换参考序列。