摘要
本发明提出一种基于去噪扩散概率模型的空间基因表达插值方法,涉及基因数据表达领域,假设同一组织区域scRNA‑seq和ST测序数据具有相同或相似的基因表达模式。首先,通过两个马尔可夫链捕捉scRNA‑seq数据中基因表达丰度的关系:前向过程通过t个时间步向scRNA‑seq数据引入噪声,逆向过程通过基于注意力图卷积和Transformer的去噪网络恢复数据。然后将训练好的模型应用在ST数据上,在去噪过程中通过将缺失基因表达的ST数据引入,预测ST数据中缺失的部分,以补全转录组。本发明可以更加高效且准确地从scRNA‑seq参考数据中推断ST缺失的基因表达。
技术关键词
插值方法
基因表达数据
皮尔逊相关系数
随机噪声
插值模型
基因调控网络
基因表达模式
注意力机制
邻居
基因表达谱
矩阵
网络恢复
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噪声数据
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