摘要
本发明涉及了生物计算技术领域,具体涉及了一种单细胞Hi‑C图谱插补方法及装置,方法包括:获取单细胞测序文库数据与参考基因组,确定测序数据在基因组位置,统计相互作用频率得Hi‑C接触矩阵;对单细胞任一染色质的Hi‑C接触矩阵,依据邻近节点相似性插补,得到单个细胞单条染色质的邻近节点插补图谱;计算各细胞各染色质的插补图谱,以此为邻接矩阵做表示学习,拼接向量得细胞预嵌入向量,降维得全部细胞嵌入向量矩阵;利用单细胞嵌入向量矩阵计算细胞级相似度矩阵并转为马尔科夫概率转移矩阵,用其修正邻近节点插补图谱,得到Hi‑C插补图谱,提高了插补准确率。
技术关键词
插补方法
矩阵
图谱
灰度梯度信息
原始测序数据
单细胞测序文库
节点
截断奇异值
染色质相互作用
生物计算技术
训练预测模型
插补装置
数据获取模块
元素
计算方法
频率
标记
序列
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