摘要
本发明提供了一种筛选高活性内源抗菌肽的方法,包括以下步骤:(1)收集抗菌肽数据库中的抗菌肽序列,构建抗菌肽预测模型;(2)获取猪源蛋白质组数据;(3)从猪源蛋白质组数据中筛选出长度8~50个残基之间的序列构建候选数据集;(4)从候选数据集中筛选出非冗余的序列构建预测数据集;(5)利用抗菌肽预测模型对预测数据集中的内源抗菌肽进行预测得到候选抗菌肽;(6)对候选抗菌肽进行生物信息学分析并与抗菌肽数据库比对,筛选出相似度小于100%且具有分泌蛋白特性或外泌体蛋白特性的抗菌肽,得到高活性内源抗菌肽。本发明提供的方法可以高效、快速地筛选高活性内源抗菌肽,为开发新型抗菌肽提供新的途径,具有广阔的应用前景。
技术关键词
理化特征
序列
抑菌
蛋白
机器学习算法
数据
支持向量机模型
新型抗菌肽
BERT模型
金黄色葡萄球菌
随机森林模型
生物
冗余
参数
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杀菌
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