基于并行基因序列比对算法的异构加速方法及系统

本发明提供了一种基于并行基因序列比对算法的异构加速方法及系统，包括：步骤S1：将DNA分成n个片段，令CPU端读取DNA的片段数据；步骤S2：在CPU端，对片段数据进行并行多线程处理，生成输入数据；步骤S3：预测对应线程在软件CPU端的执行时间和硬件FPGA端的执行时间；步骤S4：根据预测的执行时间，选择输入数据继续执行的位置；步骤S5：若在FPGA端进行加速处理，则将处理后的数据存入全局内存中；步骤S6：令CPU端对全局内存中的数据进行执行并行序列比对，完成序列比对。本发明实现了一个基于软件多线程实现对多条待比对序列的并行处理的策略，FPGA设备端基于多内核实现多序列的并行和流水化处理。