荔枝液相芯片及其应用

本发明公开了荔枝液相芯片，荔枝液相芯片的基因分型位点包括定位在荔枝参考基因组上的共计45429个SNP位点；45429个SNP位点缺失率不大于10％、杂合率不大于15％、最小等位变异频率不小于0.3；45429个SNP位点编号为SNP1‑SNP45429。荔枝液相芯片，从大规模测序数据中筛选出可用于芯片设计的45429个SNP位点，其位点来源涵盖国内更多的荔枝品种，通用性更强；本发明的荔枝芯片适用于靶向捕获测序技术，通过相应的探针设计，不仅可以对探针靶点进行分型，同时可以对探针靶点周围扩增区域进行分型，因此与具有相同数目探针的固相芯片相比，可以检测出更多的变异位点，同时在提高检测位点数目的基础上明显降低分型成本。