一种用于检测病原微生物的特异性基因探针的设计方法

本发明提供了一种用于检测病原微生物的特异性基因探针的设计方法，属于微生物检测技术领域，包括：获取目标病原菌的参考基因组数据、与所述目标病原菌同属的所有物种的参考基因组数据和所述目标病原菌种下所有菌株的基因组数据；利用MUMmer将所述目标病原菌的参考基因组数据与所有目标病原菌同属物种的参考基因组数据进行比对，获得所述目标病原菌参考基因组中与其他同属微生物参考基因组连续比对一致碱基数≥20的所有片段，记录所有片段的起始碱基位点与结束碱基位点；将所述目标病原菌的参考基因组打断为50nt k‑mer集，过滤掉所述50nt k‑mer集中的非特异性片段，获得初始候选探针集；对所述初始候选探针集进行过滤，获得候选探针集3；对所述候选探针集3进行过滤，获得特异性探针集。该设计方法直接在病原微生物的基因组数据中挖掘特异性探针，可胜任大规模探针设计工作，设计出的探针具有优异的分辨率，能够提高病原微生物检测的准确性，实现对病原微生物的精确检测。