一种基于存内计算的基因数据匹配编码优化方法及装置

本发明提出一种基于存内计算的基因数据匹配编码优化方法和装置，包括：通过滑动窗口在在完整基因符号序列中选择数据，得到滑动窗口数据，将滑动窗口数据存入SRAM阵列，SRAM阵列包含NxM行和NxA列；一次迭代过程为从滑动窗口数据中的起始符号开始，用OneCycleByteSearch在单个周期内对于待匹配符号序列和SRAM阵列中的所有列的对应符号同时进行匹配，直到有效结果向量全为0时停止匹配，记录上一个周期结果向量FindPos的结果作为最长匹配的起始位置，以及当前所用的时间周期数量减1作为最长匹配长度；如果已经进行到滑动窗口数据中最后一个符号，则最长匹配的起始位置为当前周期结果向量FindPos的结果，最长匹配长度为N。