摘要
一种基于冷冻电镜密度图的RNA结构精修方法,从待精修的RNA三维结构和对应的冷冻密度图出发,将待精修的结构拟合到密度图中,并选择拟合最好的一个结构;然后,根据键长、键角、二面角、LJ势、电子势、氢键和密度图能量项来计算RNA结构的能量,并根据L‑BFGS算法对RNA结构进行精修;最后,选择能量最低的结构作为最终的精修结构。本发明提供了一种精度较高的基于冷冻电镜密度图的RNA结构精修方法,结合理化力场和冷冻电镜数据构建总能量模型,并采用L‑BFGS对原子位置进行优化。
技术关键词
冷冻电镜
精修方法
密度
副本
BFGS算法
三维结构
受体
网格
供体
坐标
分辨率
电子
频率
参数
代表
精度
数据
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