一种基于冷冻电镜密度图的RNA结构精修方法

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正文
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一种基于冷冻电镜密度图的RNA结构精修方法
申请号:CN202410745763
申请日期:2024-06-11
公开号:CN118692568A
公开日期:2024-09-24
类型:发明专利
摘要
一种基于冷冻电镜密度图的RNA结构精修方法,从待精修的RNA三维结构和对应的冷冻密度图出发,将待精修的结构拟合到密度图中,并选择拟合最好的一个结构;然后,根据键长、键角、二面角、LJ势、电子势、氢键和密度图能量项来计算RNA结构的能量,并根据L‑BFGS算法对RNA结构进行精修;最后,选择能量最低的结构作为最终的精修结构。本发明提供了一种精度较高的基于冷冻电镜密度图的RNA结构精修方法,结合理化力场和冷冻电镜数据构建总能量模型,并采用L‑BFGS对原子位置进行优化。
技术关键词
冷冻电镜 精修方法 密度 副本 BFGS算法 三维结构 受体 网格 供体 坐标 分辨率 电子 频率 参数 代表 精度 数据
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