确定RNA的三维结构中的解决RNA异质性的方法

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确定RNA的三维结构中的解决RNA异质性的方法
申请号:CN202411387370
申请日期:2024-10-01
公开号:CN119273845A
公开日期:2025-01-07
类型:发明专利
摘要
本发明公开了一种确定RNA的三维结构中的解决RNA异质性的方法,S3,纯化折叠后的RNA接着被冷冻制样玻璃化,并在冷冻电镜下进行评估,以获得具有最佳冰厚度和均匀粒子大小及分布的载网;S4,载网进行小量数据收集,数据处理在二维(2D)分类完成后暂停以进行初步评估,初步评估如果具有明显的RNA特征,则进入大规模冷冻电镜数据收集和后续数据处理以解决RNA异质性,如果不具有明显的RNA特征,则需要尝试不同的RNA制备和/或玻璃化条件获得优化的RNA样本并重新进行小量数据收集,直到具有明显RNA特征,再进行大规模冷冻电镜数据收集后再进入数据处理以解决RNA异质性;S5,大多数RNA在执行功能时会经历构象变化,标准的冷冻电镜数据处理流程和三维分类算法结合更有效地分离构象变化。本发明帮助实现cryo‑EM结构测定,并辅以cryo‑EM数据处理流程,以解析RNA动态和构象变化,以及RNA建模算法,以生成基于中等到高分辨率cryo‑EM密度图的原子坐标。
技术关键词
三维结构 冷冻电镜 后续数据处理 冷冻电子显微镜 参数 冷冻剂容器 样品台 分辨率 建模算法 折叠方法 盒子 图谱 探测器 支持膜 视觉 滤纸 模式 图像
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