一种用于食管鳞癌分子分型的随机森林分类器及分子亚型分类器和构建方法

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一种用于食管鳞癌分子分型的随机森林分类器及分子亚型分类器和构建方法
申请号:CN202411459261
申请日期:2024-10-18
公开号:CN119296647A
公开日期:2025-01-10
类型:发明专利
摘要
本发明属生物信息学与计算生物学技术领域,涉及一种用于食管鳞癌分子分型的随机森林分类器及分子亚型分类器和构建方法。分子亚型为4个,分别为:ECMS 1、ECMS 2、ECMS 3、ECMS 4;特征为:ECMS 1:代谢通路异常,NFE2L2激活,选用药物适用NFE2L2抑制剂;ECMS 2:肿瘤经典信号通路上调,甲基化程度低;ECMS 3:拷贝数变异事件少,肿瘤突变负荷低,PD‑1高表达,对免疫抑制剂治疗获益;ECMS 4:上皮间质转化通路激活,总体生存率和无疾病生存率低,上皮间质转化和VEFG抑制剂治疗获益。本发明以解析食管鳞癌的异质性,统一各分型系统,从而实现分子分型更易推广。
技术关键词
食管鳞癌 拷贝数 分类器 分子 高通量测序数据 分型系统 原始测序数据 肿瘤突变负荷 启动子 随机森林 矩阵 基因转录起始位点 样本 测序接头 免疫抑制剂 网络融合方法 序列 谱聚类算法
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