基于靶向捕获测序的奶牛10K低密度SNP芯片及其应用

本发明公开了基于靶向捕获测序的奶牛10K低密度SNP芯片及其应用。本发明提供了用于检测奶牛基因型的10K低密度芯片，包括：特异性检测奶牛基因组上11352个SNP位点和6个INDEL位点(主要包括与奶牛重要性状相关的位点、亲子鉴定和遗传缺陷位点以及从现有商业化奶牛基因组芯片上挑选的位点这三类)的单链核苷酸探针。本发明所提供的10K低密度基因组芯片较现有的高密度芯片检测成本低，且与现有高密度芯片相比，本发明10K芯片在SNP检出率、多态性检测、个体基因型检出率、遗传评估准确性等方面检测性能一致。本发明的芯片可应用于奶牛全基因组选择以及遗传缺陷鉴定，对于后备牛的早期选育、母牛核心群组建、选种选配以及加快遗传进展、提升饲料管理效率具有重要意义。