一种大豆油、蛋白质含量预测和其SNP分析方法及系统

本发明公开了一种大豆油、蛋白质含量预测和其SNP分析方法及系统，方法包括获取大豆样本数据集；对预处理后的大豆样本数据集进行特征选择和维度筛选，以得到筛选后的第一数据集；对第一数据集进行编码，编码基于碱基维度引入权重，以得到编码数据；将编码数据输入至预测模型，对油含量及蛋白质含量进行预测；对预测模型进解释性分析，获取SNP位点对表型的影响数据。本发明通过结合LD分析、GWAS分析、SVR模型和SHAP解释性分析，实现了在高维小样本数据中对大豆油和蛋白质含量的精准预测，同时提升了模型的解释性和可操作性。不仅能够有效降低数据冗余，还能够识别出与目标表型显著相关的SNP位点，提高了对基因型与表型关系的理解能力。