有向无环泛基因组图上的叠瓦谱隐马尔可夫序列比对方法

本发明公开了序列比对技术领域的有向无环泛基因组图上的叠瓦谱隐马尔可夫序列比对方法，步骤如下：对有向无环泛基因组图进行比对前预处理获得Viterbi图，训练图和比对参考图，然后将比对参考图中最长的比对参考路径的长度作为叠瓦谱隐马尔可夫模型的匹配状态数量，在初始化该模型参数和各个节点的叠瓦宽度后在训练图上进行训练，获得叠瓦谱隐马尔可夫模型，当需要多序列比对时，在该模型上使用基于虚拟节点概率计算的维特比解码算法，在Viterbi图上计算出每个序列在叠瓦谱隐马尔可夫模型中的最可能状态路径，根据状态路径确定序列中各个位置的比对关系，从而完成多序列比对，本发明大幅度减小了序列比对的计算时间和存贮空间需求。