一种基于卷积神经网络的益生菌筛选方法

本发明属于生物益生菌筛选技术领域，具体涉及一种基于卷积神经网络的益生菌筛选方法，包括：读取原始益生菌相关DNA序列文件，采用正则表达式对DNA序列文件进行匹配，并移除所有非ATCG碱基字符，得到规范化DNA序列，对规范化DNA序列进行筛选；采用滑动窗口法分割筛选后的DNA序列，生成k‑mer片段集合；通过各个k‑mer片段在序列中出现的频次，并构建k‑mer频次向量；对k‑mer频次向量进行归一化处理；将归一化处理后的k‑mer频次向量输入到训练后的卷积神经网络中，得到DNA序列分类结果；根据DNA序列分类结果定该序列对应的菌株是否为益生菌；本发明采用滑动窗口提取k‑mer频次特征，将传统序列比对方法的计算复杂度从O(n2)降至O(n)，减少了计算资源消耗。