摘要
本发明提供一种细胞特异性转录因子调控网络分析方法及可视化平台,涉及生物信息学技术领域,所述方法包括:基于转录因子结合基序数据库,通过GRNBoost2‑cisTarget‑AUCell‑CellGRN工作流程构建基因调控网络;结合所述数据库筛选直接调控关系,并计算调控子在各细胞中的活性评分;基于活性评分和细胞类型注释结果,利用统一流形逼近与投影(UMAP)降维方法和Leiden聚类算法对单细胞数据进行分群,并通过交互式可视化工具展示以下结果:细胞聚类UMAP图,根据细胞类型进行颜色标注;转录因子调控子活性的UMAP图及热图;基因调控网络的可视化图谱,其中转录因子与靶基因通过节点形状区分,调控关系通过线条权重和颜色标注。本发明可以提供精准的调控网络。
技术关键词
转录因子
网络分析方法
构建基因调控网络
单细胞转录组数据
交互式可视化
可视化平台
梯度提升方法
基因表达特征
关系
列表
位点
算法
可视化模块
特异
生物信息学技术
分群
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