一种面向siRNA脱靶分析的快速序列比对与注释方法

本发明提供一种面向siRNA脱靶分析的快速序列比对与注释方法，解决传统方法因生成错配变异序列导致的组合爆炸问题。包括如下步骤，对目标物种cDNA序列进行滑动窗口截取，按小干扰脱氧核糖核酸siRNA长度L以步长1碱基滑动截取片段；将每个片段及小干扰脱氧核糖核酸siRNA序列中的碱基映射为2bit二进制码，转换为包含2L有效bit的64位整数存储；执行小干扰脱氧核糖核酸siRNA编码值S与互补脱氧核糖核酸cDNA窗口编码值C的按位异或操作；将执行结果R的每相邻2bit进行逻辑或操作，压缩为L bit结果B；计算B的汉明权重，作为错配数；对满足预设错配阈值的匹配片段，从MySQL数据库通过GeneID关联并输出基因表达注释信息。该方法的优点在于，规避了组合爆炸，提升了运行效率，优化了资源配置。