一种核间等位基因表达分析方法、装置及存储介质

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一种核间等位基因表达分析方法、装置及存储介质
申请号:CN202411973236
申请日期:2024-12-30
公开号:CN119905148A
公开日期:2025-04-29
类型:发明专利
摘要
本发明公开了一种双核体核间等位基因表达分析方法、装置及存储介质,涉及双核真菌的生物信息学转录组分析技术领域。其中,该方法包括:将双核体真菌的测序数据分别与两个核参考基因组进行比对分析;利用SVM模型对测序数据中每个reads进行核来源分类;将核1的所有基因序列作为查询集,核2的基因序列作为目标集,使用BLAST工具构建基因序列之间的相似性得分矩阵;将相似性评分与基因注释信息结合,通过LightGBM模型分析建立核间等位基因关系;生成counts文件,进行FPKM标准化处理,将标准化后的表达量结合核间等位基因关系索引进行分析,得出分析结果。通过本发明,实现了双核体真菌核间等位基因分析。
技术关键词
表达分析方法 LightGBM模型 基因 序列 真菌 数据 构建分类模型 SVM算法 关系 字段 分类规则 处理器 代表 索引 染色体 存储器 矩阵 生物 参数 计算机
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