一种基于片段拓补序的有向无环泛基因组图构建方法

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一种基于片段拓补序的有向无环泛基因组图构建方法
申请号:CN202510149254
申请日期:2025-02-11
公开号:CN119626330A
公开日期:2025-03-14
类型:发明专利
摘要
本发明公开基因组图构建技术领域的一种基于片段拓补序的有向无环泛基因组图构建方法,包括给定目标图,取出待加入完整序列,生成序列路径、以图节点的权重作为依据,对序列路径节点进行锚点查找、遍历序列路径中的匹配节点集,将拓补序坐标连续递增的节点分为一组形成节点组列表,然后使用动态规划计算拓补序严格递增且包含节点数量最多的节点组子列表,随后将不存在于该子列表的匹配节点及其对应的目标图中锚定节点删除得到基于权重的最终锚定节点‑匹配节点对集合等,本发明通过引入拓补序和构建潜在环检测及排除技术,实现了有向无环泛基因组图的快速构建。
技术关键词
节点 坐标 序列 锚点 广度优先遍历 列表 滑动窗口 排除技术 拷贝 关系 规划 动态 算法
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