一种基于CNN和Transformer的拓扑关联结构域检测方法

本公开提供了一种基于CNN和Transformer的拓扑关联结构域检测方法，本公开首先deepTAD识别TAD边界，随后通过Wilcoxon秩和检验去除假阳性边界，再计算余弦相似度，将过滤后的边界组合成完整的TAD。通过这一方法，可以构建基因组的三维组织图，能够识别独立的TAD以及嵌套的TAD结构。实验结果表明，deepTAD可以快速、准确地从不同的Hi‑C接触矩阵中识别TAD，其性能优于现有方法，证明了其有效性。总之，本公开的方案助于更深入理解基因组的三维结构及其功能关联。