摘要
本发明提出了多器官单细胞测序数据整合方法,所述方法包括:S1:数据预处理,包括数据采集和数据清洗两个部分,对每个单细胞测序数据集进行归一化、缩放和特征选择操作;S2:数据降维和数据聚类,针对每个器官数据集,采用scanpy包中的PCA和Leiden方法,选择前40个主成分进行降维聚类;S3:构建重合度矩阵,对于每个器官,构建自身与其他器官的重合度矩阵,将所述重合度矩阵输入到粒子群算法中;S4:结合粒子群算法,对多个器官的数据进行批次效应校正。对于相同细胞类型的数据不同器官,粒子群优化算法在不改变原始数据结构的情况下,寻求全局最优标度指数,充分展示不同器官数据的异质性和同质性,为下游实验和分析提供良好的集成数据集。
技术关键词
数据整合方法
粒子群算法
特征选择
单细胞转录组
矩阵
基因
粒子群优化算法
阶段
校正功能
小鼠
聚类
效应
邻居
指数
基准
节点
参数
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