一种疾病标志物结合口袋识别方法

本发明提供了一种疾病标志物结合口袋识别方法，属于疾病标志物结合口袋技术领域，包括：首先构建含疾病标志物的模拟体系并进行100‑500ns的分子动力学模拟；采集构象变化轨迹并进行归一化处理；对采样构象进行分解计算，分析频率较高的构象簇；计算氨基酸残基的结构参数，筛选柔性较大的区域作为潜在结合位点；分析这些位点的溶剂可及性和静电特征；通过水分子分布密度识别临时结合口袋；进行主成分分析提取构象变化模式；构建氨基酸残基相互作用网络，基于结合自由能、构象稳定性和口袋综合性能评估等指标筛选稳定结合口袋；解决了现有方法大多数仅考虑分子的静态结构特征，忽略了蛋白质构象的动态变化对结合口袋形成的影响的问题。